APE1核酸适配体的筛选及其应用研究

APE1是参与碱基切除修复(BER)途径的人体必需蛋白,被认为是恶性肿瘤与心血管疾病的血清学生物标志物。同时,APE1是降低机体对抗癌药物耐药性的有效作用靶点。目前,对APE1的检测与调控缺乏直接手段。核酸适配体(aptamer)是一段寡核苷酸分子,通过折叠成的空间结构可以高特异性识别目标分子。核酸适配体与APE1的底物是同一类型的分子,提供了竞争性结合的可能性。本研究首次以APE1为靶标进行适配体体外筛选(SELEX)。经高通量测序、序列分析及对比,获得4个家族适配体序列,最终选取四条候选适配体APT-D1、APT-D72、APT-D268、APT-T79进行后续研究。q-PCR法测定了候选适配体与APE1结合亲和力,结果表明,APT-D1、APT-D72、APT-D268、APT-T79亲和力常数Kd分别为1.306±0.1418 n M、4.087±0.4812 n M、7.052±1.875 n M、6.506±1.216 n M,均在纳摩尔范围,表明候选适配体与靶标有较高亲和力。q-PCR和磁珠-ELASA(Enzymeselleck化学 Linked Aptamperiodontal infectioner-sorbent Assay)检测了APE1候选适配体的特异性,结果显示,适配体APT-D1和APT-D72具有较高特异性,APT-D1(P<0.001)、APT-D72(P<0.01)。血清特异性结果表明适配体APT-D1可以高特异性识别结、直肠癌等APE1血清学疾病患者的血清,EMSA结果进一步表明适配体CB-839研究购买APT-D1与APE1的特异性结合。血清稳定性实验提示,该适配体能够在10%人血清环境中稳定存在24h。因APE1可识别并切割双链中AP位点,选用10%Native-PAGE表征酶切结果,结果显示,适配体APT-D1能够很好抑制APE1酶切活性。NUPACK预测适配体APT-D1二级结构,将茎环结构截短,获得三条截短适配体,酶切结果显示D1-3抑制能力最强。细胞荧光实验表明,适配体D1-3能够特异性识别并进入A549细胞等APE1高表达细胞株内部,可实现与带有AP位点的DNA纳米管(Nano-AP)在A549细胞内共定位。细胞荧光实验和CCK8实验表明在细胞内适配体D1-3也可进一步有效抑制APE1活性,抑制A549细胞增殖。