本试验旨在研究稻草替代全株玉米青贮对奶牛瘤胃菌群组成、差异表达基因、代谢通路和碳水化合物活性酶的影响。试验选取8头健康、体重接近的寻找更多泌乳后期中国荷斯坦奶牛，随机分为CS组（粗饲料由苜蓿、苜蓿青贮与全株玉米青贮组成）和R确认细节S组（由稻草替代CS组粗饲料中1/3的全株玉米青贮，其他成分不变），每组4个重复，每个重复1头牛。预试期14 d，正试期7 d。结果显示：1）在门水平上，CS组瘤胃广古菌门（Euryarchaeota）的相对丰度显著低于RS组（P<0.05）。在属水平上，CS组瘤胃球菌属（Ruminococcus）、甲烷短杆菌属（Methanobrevibacter）、丝状杆菌属（Fibrobacter）的相对丰度显著低于RS组（P<0.05）。2）在2组奶牛瘤胃液中共筛选到6 638个差异表达基因，其中2 777个上调表达，3 861个下调表达；通过GO分析，差异表达基因主要富集于生物合成过程、有机物质的生物合成过程、细胞生物合成过程和细胞代谢过程；通过KEGG代谢通路分析，差异表达基因主要富集于柠檬酸代谢、丙酮酸代谢、甲烷代谢和挥发性脂肪酸代谢。3）通过碳水化合物活性酶分析，CS组纤维素降解酶GH48和半纤维素降解酶GH8、GH11、GH16富集的差异表达基因的丰度显著低于RS组（P<0.05），寡糖降解酶GH43、GH3、GH2、GH31富集的差异表达基因的丰度均高于RS组（P>0.05）。综上所述，稻草替代部分全株玉米青贮改变了奶牛瘤胃微生物群落组成，具有降解纤维能力的瘤胃球菌属、丝状杆菌属以及与甲烷排放有关的甲烷短杆菌属的丰度均增加；差异表达基因主要富集在柠檬酸代谢、丙酮酸代谢、甲烷代谢和挥发性脂肪酸代谢等途Stemmed acetabular cup径；在碳水化合物活性酶变化上，稻草替代部分全株玉米青贮提高了奶牛瘤胃微生物中参与纤维素和半纤维素降解的GH家族基因的丰度，降低了参与寡糖降解的GH家族基因的丰度。