目的 比较福建省不同地区食管鳞癌患者的菌群差异，为食管癌的预防控制提供依据。方法 于2013年2月—2017年10月整群抽取在福建省肿瘤医院和福建省漳州市医院就诊的经病理确诊的接受食管癌根治性手术治疗且能获得完整癌旁组织、术前2个月未使用过抗生素及术前未接受放疗或化疗等治疗、肿瘤分期明确、临床病理资料完整、近1个月内未接受过对试验结果有影响药物治疗、无其他感染性疾病的非转移性肿瘤和食管癌复发且在福建省本地居住≥10年的120例食管鳞癌患者进行问卷调查和癌旁组织的16S rRNA V3-V4区双端测序，通过QIIME 2019.4分析样本中细菌群落结构及其多样性，并应用多因素非条件logistic回归模型分析福建省不同地区食管鳞癌患者与食管菌群的关联性。结果 本研究纳入的120例食管鳞癌患者中，漳州50例，福州11例，莆田11例，泉州33例，其他地区15例，不同地区性别、年龄、吸烟情况、饮酒情况、饮茶情况、采样季节和肿瘤部位差异均无统计学意义（均P>0.05）。福建省不同地区食管鳞癌患者的食管菌群alphflow mediated dilatationa多样性和beta多样性不同，差异c-Met抑制剂均有统计学意义(P<0.01)。采用QIIME 2019.4软件分析得到食管癌旁组织15个门、22个纲、28个目、48个科、71个属、85个种的菌群丰度值。在调整了性别、年龄、吸烟情况、饮酒情况、饮茶情况、采样季节和肿瘤部位等混杂因素后，常见菌群多因素非条件logistic回归分析结果显示，福州地区立克次氏体目和线粒体科的菌群丰度均较漳州地区高，鞘氨醇单胞菌目、瘤胃球菌科、鞘氨醇单胞菌科、粪杆菌属和鞘氨醇单胞菌属的菌群丰度均较漳州地区低；莆田地区放线菌纲、柄杆菌目、鞘氨醇单胞菌目、瘤胃球菌科、柄杆菌科、鞘氨醇单胞菌科和鞘氨醇单胞菌属的菌群丰度较漳州地区低；泉州地区OD1门、立克次氏体目和线粒体科的菌群丰度均较漳州地区Compound 3配制高，红蝽杆菌纲、放线菌纲、杆菌目、柄杆菌目、鞘氨醇单胞菌目、瘤胃球菌科、柄杆菌科、鞘氨醇单胞菌科、红蝽菌科、粪杆菌属和鞘氨醇单胞菌属的菌群丰度均较漳州地区低，其他地区红蝽杆菌纲、杆菌目、柄杆菌目、瘤胃球菌科、柄杆菌科、红蝽菌科和粪杆菌属均较漳州地区低。在调整了性别、年龄、吸烟情况、饮酒情况、饮茶情况、采样季节和肿瘤部位等混杂因素后，罕见菌群多因素非条件logistic回归分析结果显示，福州地区疣微菌门、疣微菌纲、疣微菌目、疣微菌科、罗斯氏菌属、枝动菌属、阿克曼菌属和嗜粘蛋白–阿克曼氏菌种均较漳州地区低；莆田、泉州和其他地区疣微菌门、疣微菌纲、疣微菌目、疣微菌科、布劳特氏菌属、多尔氏菌属、罗斯氏菌属、枝动菌属、阿克曼菌属、长脂链霉菌种和嗜粘蛋白–阿克曼氏菌种均较漳州地区低。结论 福建省食管鳞癌患者的食管菌群分布受地区因素影响。