采用转录组测序的方法挖掘防风SSR位点信息并设计特异引物，以期为防风的种质资源遗传多样性研究提供有力依据。对防风种子净度、千粒重、发芽率、活力等种子特性进行统计，并对转录组数据库中长度1 kb以上的12 606条unigene,利用MISA软件搜Iodinated contrast media索SSR位点信息，使用Primer 3设计引物，以筛选得到的43对SSR引物分析28份不同来源防风材料的多LY2157299化学结构态性。结果显示不同种源防风在净度、千粒重、发芽率、活力、种子长宽等方面存在差异，其中发芽率、活力的差异较为明显，HB-ZJK1、NMG-CF4、NMG-BT、NMG-HLE1、NMG-CF2的千粒重、发芽率、活力方面明显高于其他种源。在得到的86 233条unigene序列中利用MISA软件发现有12 606条unigene序列上共包含了15 958个SSR位点，SSR位点unigene数占unigene总数的14.62%,平均每5 009 bp出现1个SSR位点，SSR位点的重复类型以单核苷Transmembrane Transporters抑制剂酸和二核苷酸为主，G/C、TC/AG是单核苷酸和二核苷酸的优势基元，利用28个不同产地防风材料对所有引物进行筛选，得到条带清晰、稳定多态性好的引物。聚类分析表明，28份防风种质资源的生物性状及遗传多样性的聚类结果大致吻合，相同产地(HB-AG1、HB-AG2、HB-ZJK1、HB-ZJK2)的大多聚在一起，亲缘关系较近。防风转录组中SSR出现频率较高、类型丰富且多态性高，为其种质资源鉴别、遗传图谱构建和分子辅助育种等提供了候选分子标记。