利用WGCNA对粳籼稻抗低温胁迫差异基因挖掘及共表达网络构建

为了挖掘粳稻、籼稻受到低温胁迫时差异表达的相关基因，本研究利用权重基因共表达网络分析方法(weighted gene co-expression network analysis， WGCNA)，以GEO数据库芯片数据GSE7661Hepatocyte histomorphology3为基础，分析耐低温胁迫的TNG67 (Oryza sativa ssp.japonica)和对低温胁迫敏感的TCN1 (Oryza sativa ssp.indica)在4 ~(o)C低温胁迫不同时间处理后的基因表达情况。通过使用WGCNA得到了16个与水稻根系抗低温selleck AY-22989胁迫密切相关的基因共表达模块，根据各模块的表达模式差异，发现blue模块内的DEGs是影响TNG67和TCN1抗低温胁迫差异的主要基因，进而对该模块内的基因进行共表达网络构建，筛选出可能与低温胁迫密切相关的LOC＿OS10g39CL13900体内实验剂量510、LOC＿OS10g37880、LOC＿OS11g37759和LOC＿OS08g13440四个核心基因。本研究为进一步研究粳稻、籼稻响应低温胁迫差异的分子机制提供了线索。